La flora de Cabañeros se corresponde con la del monte mediterráneo al igual que la flora de Ruidera, pero con ciertos matices, la flora del monte mediterráneo son amplio de grupo de especies que no tienen porque coincidir todas en el mismo espacio pero si un amplio número de ellas al igual que también hay que considerar los factores del suelo, si es ácido o básico. Mientras que en Ruidera, a unos 100 Km de aquí los suelos son calizos, en Cabañeros los suelos son ácidos, básicos o combinación de ambos en un mismo espacio. Esta factor hace que la flora aquí sea más amplia que en Ruidera apareciendo especies propias de los suelos ácidos como los alcornoques, las jaras, los madroños o los melojos.
Así pues la vegetación está compuesta de encinas, alcornoques, brezos, jaras de las cuales abunda la pringosa, jarillas, arces, etc...
En la imagen vemos la cornicabra (Pistacia terebinthus), caracterizada por su enorma agalla en forma de cuerno de cabra que resulta tan característica.
En las zonas más encharcables como es en el pantano del brezoso encontramos el brezo de pantanos (Erica tetralix) junto con dos especies de carnivoras que prosperan en esta zon , son la Drosera rontundifolia y la Pinguícola lusitanica, ambas son pequeñas plantas que atrapan a los insectos pegándolos a sus hojas y absorbiéndolos para obtener un aporte extra de nitrógeno que no pueden tomar del terreno ya que éste es muy pobre.
En este mismo ambiente encontramos el roble melojo o rebollo (Quercus pyrenaica), el roble que se da en la mitad sur de la península, un árbol con un requerimiento de humedad superior a los alcornoques que se da en zonas de arroyos o en laderas resguardadas que mantienen la humedad.
Asímismo en los ríos, como en el Río Estena encontramos pequeñas herbáceas entre las que destaca la menta acuática (a la izquierda, (Polygonum hydropiper)), basta con tomar un pequeñísimo trocito de hoja para averiguar el porqué de su nombre, crece justamente en los bordes de ríos y arroyos.
En la zona de las llanas encontramos en el monte de jaras y brezos, dónde se ha eliminado el pinar la jarilla (Halimium ocymoides), una especie de jara pequeña cuyas hojas son pálidas para resistir la alta insolación y la escasez de agua y una bonita flor amarilla.
Así mismo encontramos un endemismo ibérico, este helecho, pequeñísimo como vemos al compararlo con el de al lado que es un Ceterach officinarum. Este helecho se llama Cheilanthes hispanica, como vemos es sensiblemente diferente a otros tipos de helechos porque lo que identificar su género ofrece pocas dudas, especies hay varias, este nos lo identificó la guía de la excursión.
Además Cabañeros también encierra una colección relíctica de vegetación atlántica que comentamos en el apartado "Ruta Boquerón de Estena".
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