En la zona de Ruidera la vegetación predominante es el monte mediterráneo, como en toda la zona central de la península ibérica, sin embargo la presencia de las lagunas hace que en su perímetro se desarrolle otra flora completamente diferente, muy similar a la que encontramos en Las Tablas de Daimiel pero con un ámbito mucho más reducido aun que las propias tablas, ya que al ser tan profundas las lagunas (hasta 20 metros), la vegetacion queda relegada a una reducida orilla.
Los suelos en los que nos encontramos son básicos por lo que no encontraremos ni alcornoques, ni brezo, ni apenas jaras, por lo que el árbol predominante es indiscutiblemente la encina, llegando a encontrase hasta casi el mismo borde lagunar. Además de la encina encontramos también el quejigo (Quecus faginea), el espino negro (Rhamnus lycioides), el enebro (Juniperus oxycedrus) y una especie bastante más escasa que resulta de las más interesantes de la zona, la Sabina albar (Juniperus thurifera), cuya población resulta ser de la más meriodional de España.
Esta a sabina, a diferencia de otras especies de este mismo género, presenta porte arbóreo, lo que nos permite diferenciarla rapidamente de otras sabinas. El nombre de la especie, thurifera, significa "productora de incienso" porque su madera es muy arómatica y se ha quemado con el fin de dar olor. Es una especie propia de los suelos calizos.
Otra especie que resulta interesante es la Ephedra fragilis, no es una planta llamativa ni vistosa, sin embargo, las plantas de este género se han utilizado para los resfriados y el asma. Posteriormente se aisló de esta planta la efedrina, un alcaloide que es un medicamente muy usado hoy en día como broncodilatador.
Así pues, el primitivo uso de esta planta puso el camino para obtener un medicamento que usamos hoy en día, cada vez que se extingue una planta se pierda la oportunidad de curar una enfermedad, puesto que tienen muchos compuestos que aun no sabemos para que sirven pero sabemos que potencialmente pueden ser curativos de algo.
Fijándonos en la zona de las lagunas la vegetación es calcada a la de Las Tablas de Daimiel , así encontramos pequeños masegares (Cladium mariscus), especie vinculada a las aguas dulces y tranquilas, propias de tablas y aguas quietas, de ahí que al haber desaparecido muchos de estos sistemas se haya convertido en un planta emblemática, de hecho es la planta símbolo de Las Tablas de Daimiel.
Y como no, nos encontramos el omnipresente carrizo formando bonitos carrizales donde encuentran refugio muchas aves, entre ellas la Garza Real. Esta especie no es tan exigente con el requerimiento acuático por lo que podemos encontrarla en todas partes con unos mínimos recursos hídricos.
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